1950年代，印尼掀起排華浪潮，各地不斷發生針對華僑的活動，如削減華校、解僱華工、武力逼遷、逮捕拘禁，甚至發生流血事件。當地某些報刊還推行反華宣傳。中國政府主張通過談判解決印尼排華問題，並派船接回被迫害的華僑。1959至60年間，中國先後撤回華僑10萬多人。

1960年1月，中印兩國終於在北京交換了《關於雙重國籍問題條約》批准書。同年12月，兩國政府就雙重國籍問題條約的實施辦法達成協定。印尼的反華活動也逐漸緩和。

不過，1998年5月印尼發生騷亂，其間又發生針對華人的暴力事件。就此，中國政府多次提出外交交涉，要求印尼政府徹底查處有關事件及採取有效措施保護華人權益。隨後，印尼政府逐步採取措施，檢討及取消了一些限制和歧視華人的政策，如關閉華文學校、禁止使用和教授華文、不允許華人慶祝自己的節日等。